削藩引靖难
}blc}莫逐燕，逐燕日高飞，高飞上帝畿。
}blr}——明·京师歌谣
朱元璋在政治、经济、文化等领域如此大刀阔斧地改革，不惜用大规模屠杀的清洗手段来控制政权，目的就是保证朱家王朝可以传世万代不衰。他于洪武三年（公元1370年）、十一年、二十年先后三次把自己二十几个儿子封为亲王，并陆续派到全国各地。
对于这种情况，早在洪武九年，平遥县训导叶伯巨就上疏给朱元璋，指出“分封太侈”，担心未来亲王会给皇帝造成威胁。朱元璋认为叶伯巨是在“离间骨肉”，要将他亲手射杀。虽然叶伯巨侥幸没被射杀，但还是被关入监狱而死。
不管怎样，朱元璋实际认识到了天下能在马上得之，却不能在马上治之的道理，所以开国的重典驭下应转变为文治守成，才能保证国家的长治久安，否则就和残暴的元朝没什么分别了。在朱元璋的儿子当中，他最喜欢的是长子朱标，因他好读书，秉性仁厚，在朱元璋眼中他更加适合当一个盛世君主。但事与愿违，太子朱标因病早死，朱元璋只好退而求其次，选择了朱标的儿子朱允炆为太孙，以便继承大业，而没有选择和自己性格类似的燕王朱棣。
洪武三十一年（公元1398年），朱元璋病逝，太孙朱允炆即位，大赦天下，葬朱元璋于南京钟山孝陵，谥为“高皇帝”，庙号“太祖”，改次年为“建文”元年。
建文帝和他父亲的性格很像，年纪轻轻，读了许多古书，但对国事却茫然无知，一味地听从自己的老师太常寺卿黄子澄。
黄子澄不坏，但是一个迂腐之人。汉朝时有过亲王反叛的“七国之乱”，黄子澄认为明朝如此大肆分封，亲王叛乱是迟早的事情，不如先下手为强，先行削藩。
黄子澄
从即位到建文元年六月，建文帝削除了周、湘、齐、代、岷五王的爵位，废为庶民，其中湘王还畏罪自杀而死，剩下的都被囚禁在各地。燕王朱棣在五王获罪后，一方面装疯卖傻以求可以减少朝廷的盯防，另一方面却暗中训练士兵。朝廷派张昺（bǐng）、谢贵去北平监视燕王，还向燕王索要一干官吏治罪，想进一步削弱燕王的力量。燕王一看自己的太平亲王是做不成了，于是骗张昺、谢贵入贺自己病愈，在酒席上杀掉二人，占领了北平全城，出兵攻下蓟州、居庸关等地。随后以杀黄子澄、齐泰，“清君侧”为名统军，称为“靖难军”（靖难，平定叛乱之意）。废建文年号，仍称洪武三十二年，由此拉开了“靖难之役”的序幕。
建文帝听得消息，任命耿炳文为“征虏大将军”率军北上伐燕，与燕军在滹（hū）沱河北岸大战，不敌战败，退守真定城，燕王攻三日不下，于是撤走。黄子澄慌张不已，赶紧叫建文帝换帅，于是改派李文忠之子李景隆替代耿炳文。
耿炳文虽然已经年老，但身历数十战，经验丰富，而李景隆虽是将门后代，却是一个纨绔子弟，打仗还比不上耿炳文，而且非要征调五十万大军才开始进攻北平，导致战机贻误。朱棣根据李景隆不善用兵的情况，置其于不顾，故意离开北平援救永平，又智取宁王朱权的护卫和兀良哈的朵颜三卫骑兵，而后绕回北平与城内守军内外夹击李景隆军，李景隆大败，真定城也丢了，只好退守德州。这时燕王请和，建文帝表面上罢免了黄子澄和齐泰。
建文帝
建文二年四月，李景隆又率军与朱棣大战于白沟河，又大败，死伤十几万，损失一百多万石粮草，丢了德州，再退济南。燕军乘胜围攻，幸好山东参政铁铉与守将盛庸坚守，守城三个月，并且还出城反击，大败燕军。建文帝听说胜利大为高兴，升铁铉为山东布政使、参赞军务，不久又升为兵部尚书。拜盛庸为“平燕将军”，全权指挥对付燕军。
十二月盛庸大胜燕军于东昌，斩朱棣第一勇将张玉。建文三年三月，盛庸大败燕军于保定夹河。朱棣亲自断后，当时只有十几骑相随，但盛庸不敢杀他，因为建文帝有旨，不能“使朕负杀叔父之名”，于是眼睁睁看着朱棣逃走了。一个是如此妇人之仁的皇帝，一个是把一句话当了真的臣子，想不败都难。
燕王朱棣只剩永平、保定、北平三城，军事日益困顿，深感胜利渺茫，本无意进军南京，夺什么皇位，只想割据北方，先稳住阵脚再说。如此关键时刻，偏偏出来了一个宦官，他被建文帝治罪，于是逃往北平密报南京守备空虚，劝朱棣抓紧机会直捣黄龙。朱棣于是决定不与盛庸纠缠，直接攻打南京。
建文三年十二月，朱棣大举挥师南下，奔袭千里，直取徐州。次年五月，强渡淮河，击败盛庸守军，攻下扬州、高邮、通州等江北重镇。建文帝不得已议和，但被拒绝。六月一日，盛庸与燕军战于蒲子口，又败，改守长江。燕军自瓜州渡江，此时江南守军已无力再战，战线很快崩溃，李景隆开门迎降，朱允炆看事已至此，放火烧了皇宫，留下一帮臣子遭了殃，自己却不知所终。
知识链接 建文帝去向之谜
建文帝一把火焚烧了皇宫，但是朱棣随后派人搜其尸体，却怎么也没找到。民间坚信建文帝并没有死。据说，建文帝在危急时打开祖父朱元璋留下的秘密铁匣，里面有一把剃刀、一份度牒（和尚证明文件）、一件袈裟（和尚衣服）和碎银币若干（逃亡时零用），从皇宫水门逃出，剃发为僧，浪迹江湖30余年，再也没有下落。另有人说建文帝逃到东南亚。据野史记载，郑和下西洋的任务之一便是寻找建文帝。总之，建文帝的生死及去向，成了明朝第一大疑案。
知识点思考 为何“七国之乱”被成功镇压，朱允炆却“削藩”失败？
第一，在时代背景上，“七王之乱”之时正是汉代“文景之治”的盛世，并且有周亚夫这样的杰出将领。朱允炆“削藩”却是开国之初，藩王权力比汉代时候还大，不会乖乖就范。第二，虽然汉景帝和建文帝都想做守成之君，但前者心思缜密、杀伐决断，后者却柔弱迂腐、束手束脚，不敢果断杀伐燕王。第三，对比综合实力，虽然汉吴王刘濞实力比明燕王朱棣强，但刘濞的才能却在朱棣之下，导致用兵的策略大不相同。刘濞就没有魄力直取国都长安，所以力量被中央慢慢耗尽。朱棣明显果断了许多，心狠手辣处也像一个帝王的行事作风。如此一看，建文帝失败就不奇怪了。