CT密度分辨率和空间分辨率高，平扫即可较清晰地区分脑灰质和白质，增强CT扫描可增加脑白质病灶的显示能力。但是CT的软组织对比分辨率较低，颅后窝伪影较多，对脑干和小脑病变显示不佳，并且CT无法显示脊髓及视神经的病灶，具有很大的局限性。因此，CT对中枢神经系统脱髓鞘疾病的定位和定性诊断能力均有限，并且CT检查存在辐射，不推荐作为中枢神经系统脱髓鞘疾病的常规检查方法。

MRI脑灰白质对比鲜明，软组织分辨率高，是显示颅内脱髓鞘病灶最敏感的检查方法。其多方位、多参数成像的能力可以极大地提高病灶的检出率，并更容易显示病灶在时间、空间分布上的特征性改变。增强扫描可以反映病灶局部由于炎性反应所致血脑障碍的破坏程度，借以对疾病的活动性、严重程度进行判断。与CT相比，MRI不仅在显示小病灶、特殊部位病灶（如颅颈交界处、脑干、胼胝体、脊髓、视神经等）及特殊征象方面（如“直角脱髓鞘征”“开环征”等）具有明显优势，MRI还可以提供多种功能成像序列（如DWI/DTI，MRS，MTR，SWI/QSM，PWI等），更有助于拓宽和加深对中枢神经系统脱髓鞘疾病的发病机制和病理改变的认识，更利于鉴别诊断。因此临床怀疑中枢神经系统脱髓鞘疾病时应首选MRI。