近现代随着解剖学的发展，对肛肠外科疾病的认识和治疗均有了极大的进步。

1686年11月，外科医生Felix和他的助手Bessier在没有麻醉的情况下成功地为法国皇帝路易十四完成了肛瘘手术。他用特制的“球头探针刀”顶端探针由外口伸入瘘管，并由内口引出，迅速切开瘘管。这是标准的敞开式瘘管切开术。

1729年，Stahl通过解剖学观察提出了门静脉回流受阻而导致痔静脉曲张生痔的学说。1733年，Wirrnslor提出了肛门小窝的命名。1749年，Morganegui根据动物无痔病，提出了痔是人类直立后发生的特有疾病的病因学说。1760年出版的《詹姆士大词典》对内痔做出了解释:“由于痔静脉没有静脉瓣，因而从垂直的痔静脉输送血液到门脉遇到了困难”。1774年，Petit改进了痔切除术。

1818年，Boyen提出肛裂的侧方切断括约肌手术方法。1830年，HuSton首先报道了直肠瓣的分布。1835年，Brodie在他所著《直肠病讲义》第三章“肛门括约肌异常痉挛”中阐述了括约肌痉挛与肛裂的关系，详细描绘了临床症状和体征。他介绍用球头刀切开肛门括约肌，并且提出在肛门侧方切开括约肌要比在后方切开好。法国医生Recamier于1838年最先采用扩张肛门括约肌的方法治疗肛裂。英国医生Salmon于1835年在伦敦创建了圣·马克医院，该院名医辈出，对肛肠解剖、生理、病理、治疗作了大量研究工作，成了世界肛肠学科研究的一个中心。Cuersant(1847年)报告了青年性直肠息肉病。1855年，Gerota报告了直肠周围的淋巴分布。德国学者Chiari(1878)和法国学者Desfosses与Hermann分别报道了肛腺的形态学和肛腺可能与肛门周围组织感染有某种联系的假说。1869年，都柏林医生Morgan用过硫化铁液注射内痔，但当时这一方法未能广泛应用。1871年，美国Mitchell用高浓度苯酚杏仁油直接注射到脱出的内痔上，他用这种方法治疗大量患者。1873年，维也纳Dittel教授介绍用弹性橡皮条对肛瘘作绞勒性结扎。这是采用橡皮条挂线疗法治疗肛瘘的最早记录。伦敦圣·马可医院的Allingham学习了这一方法并于1874年发表论文，报道他用这种方法治愈60例肛瘘的良好疗效。1878年，Chiari提出了肛门小管及肛门腺的命名。Cripps(1882年)报告了家族性息肉病。1888年，Syminton提出了肛管的命名。1889年，Holl对肛门外括约肌排列的层次提出了自己的见解。1897年，他又报道了联合纵肌的分布和肌纤维的转化。这一阶段肛管的局部解剖可说是异彩纷呈。伦敦的Salmon在肛瘘手术时，敞开瘘管管道后在其外侧端做一垂直的辅助切口，使伤口呈T形，借以延缓外部伤口愈合以避免形成袋状假道。后来这一辅助切口演变成外口部球拍形切口，更有利于引流和愈合。1882年，Whitehead首创痔环状切除术。1914年，Quervain与Case首先报道了大肠憩室症。1932年Crohn报告了克罗恩病。1934年英国Milligan与Morgan发表了《肛管外科解剖学》密切结合临床，填补了肛管应用解剖学的一些空白，把肛肠外科推向了一个新阶段。在20世纪随着超声及放射、磁共振技术的成熟，得以应用于肛肠病的诊疗领域，使得肛肠病的诊疗水平大大提高。