4 噶尔丹崛起
巴图尔共有九个妻子，十个儿子。噶尔丹是巴图尔的第六子，与僧格是同一母所生。
自从形成《喀尔喀-卫拉特法典》之后，卫拉特蒙古各部首领都要派出儿子前往拉萨学习佛经。噶尔丹生于1644年，刚生下就被认定是温萨活佛转世。
温萨活佛是温萨寺（安贡寺）的活佛系统，温萨寺是密宗教法的发祥地，地位十分重要。1627年，三世温萨活佛前往蒙古传教，与蒙古各部头领接触较多。
1634年，温萨活佛上马正要离开时发生了件趣事。巴图尔的妻子玉姆想再生个儿子，就跪在地上求温萨活佛帮忙。温萨活佛道：“我是出家人，不能赐子给你。”玉姆问道：“你已老了，请你归天后投胎到我胎中，可好？”温萨活佛曰：“可也。”
此后温萨活佛在卫拉特蒙古、喀尔喀蒙古地区活动，并参加了1640年《喀尔喀-卫拉特法典》的制定，甚至不远万里前往伏尔加河流域为土尔扈特蒙古布传教。1643年，温萨活佛随同土尔扈特人入藏，贡献了成千上万的礼品。次年，在拜见四世班禅时，温萨活佛突然圆寂。
温萨活佛圆寂的当年，噶尔丹出生。温萨活佛足迹遍及蒙古各部，在各部中享有崇高威望，有着巨大影响力。藏传佛教需要一名在卫拉特部出生的温萨活佛的转世灵童，以保持对蒙古各部的影响力，此时噶尔丹来了。噶尔丹出生后不久，藏传佛教就派人到准噶尔，将他认定为温萨活佛的转世灵童。
1656年，十三岁的噶尔丹被送至拉萨学经。五世达赖记录：“我接受了温萨活佛等新客人呈献的供养以及千百份礼品。我给诸位新客人传授了三部怙主随许法、长寿灌顶与马头明王随许合一之加持法。”
入藏之后，噶尔丹先是追随四世班禅学经，因为特殊身份，得到了额外的关照。1662年，四世班禅以九十一岁高龄圆寂，噶尔丹转而跟随五世达赖学经。五世达赖对他特别青睐，传授了许多佛法。“所语密，虽大宝法王、二宝法王不得与闻。”
在拉萨学经期间，噶尔丹与桑结嘉措相识。桑结嘉措出生在拉萨大贵族仲麦巴家族，叔父是第二任第巴（藏语“部落头人”意），帮助达赖进行统治。桑结嘉措于1653年出生，八岁时被送到布达拉宫跟随五世达赖聆受佛法。五世达赖对他钟爱异常，特意为他聘请了当时的大学者为师，凡历史、天文、算术、医药、梵文，桑结嘉措无不通晓，同时善于骑射。
噶尔丹转到五世达赖身边学经后，与桑结嘉措朝夕相处，亲密无间，成为五世达赖最得意的两个弟子。至于《秦边纪略》中所载，噶尔丹在西藏时不好佛法，只喜舞枪弄棒，也只是文人的遐想罢了。噶尔丹在西藏学经十年，具有很高的佛学素养，这在他回到准噶尔后主持法事、翻译佛经等活动中的熟练自若即可看出。1666年，五世达赖为噶尔丹饯行，并赠送了僧人用品、珍珠念珠等礼物。噶尔丹则将他在拉萨新建的一座住宅送给了五世达赖，达赖很高兴地接受了。
此后，噶尔丹随同到西藏朝拜的僧格夫人，一起启程返回准噶尔。
返回准噶尔部之后，噶尔丹的第一件事情就是为众多蒙古人受戒。此时鄂齐尔图汗那爱好和平的儿子噶勒达玛去世，由噶尔丹举行超度仪式。噶尔丹在准噶尔部除了从事宗教活动外，还对军事、外交事务发表自己的见解。1669年，为了报复僧格使者被俄国当局关入监狱险被饿死，噶尔丹将俄国使者也关进地牢，使其尝到了饥饿的滋味。
1669年底，噶尔丹出发前往西藏熬茶，朝拜布施。他离开后，兄长之间决裂，僧格被杀。
僧格被杀后，僧格的妻子阿努立刻派人去向鄂齐尔图报信。鉴于自己的三个儿子尚年幼，无法掌控局势，阿努派人进藏，请噶尔丹回来掌控局面。噶尔丹遂向五世达赖请求还俗，得到允许后遂紧急赶回准噶尔，收拾乱局。
“杀运方兴，汝乃出也。”达赖临行前如此对噶尔丹说，此子果然是杀星，日后带来战事无数。
噶尔丹回到准噶尔后，首先迎娶了嫂子阿努，以继承僧格的遗产，获得鄂齐尔图的支持。因为按照卫拉特蒙古部落的习俗，寡妇可以改嫁，不受任何限制，但改嫁时不得带走子女及丈夫的财产，只能带走自己的财产；如果不改嫁，则可以嫁给小叔子，或者与喇嘛同居，同居时，喇嘛不得与其他人同居，要忠于寡妇一人。
噶尔丹又四处奔走，收拾僧格残部，积蓄力量。一天夜里，僧格失散的部众扎营时突见火光千百，远远从东方来，众人大惊，勒马持弓，严阵以待。待火光靠近后众人方才看清，却是噶尔丹手提长枪，纵马而来，“众审视惊奇，下马罗拜为神”。
在鄂齐尔图的支持下，噶尔丹出兵进攻车臣台吉，双方在阿尔泰山前布阵。
车臣台吉勇武善战，号称捉野马如骑羊，部落之中都将他视为勇士，帐下有引弓之士万余。对于弟弟噶尔丹，车臣台吉并不放在心上，亲自领了万骑迎战。开战时，车臣台吉将所部分为三支，纵马狂驰，烟尘遮天蔽日，声势浩大。
对于长兄的这般气势，噶尔丹不以为意，亲自领军冲击敌阵最厚实处，阵斩车臣台吉军百十骑。车臣台吉初战失利后，在金岭口依靠险峻地势防守。
噶尔丹令部将轮流仰攻，自己亲率了二十骑冲锋，呼声震天。噶尔丹一马当先，冲入敌军阵中，亲自将兄长擒拿。看着噶尔丹的雄姿，车臣台吉的部属皆下马弃弓，跪拜于噶尔丹之前。
击败车臣台吉之后，噶尔丹又一路追杀卓特巴巴图尔，直至青海。卓特巴巴图尔的儿子战败后投奔清廷，1703年被封为贝勒，1724年被晋封郡王。
噶尔丹之所以能收拾僧格旧部，很快平息内乱，在于他的特殊身份。噶尔丹是蒙古地区地位最高的宗教领袖，在准噶尔部中享有崇高威望。噶尔丹即使在拉萨学经期间，也没有放弃骑射功夫，武艺精湛，在平息叛乱的战争中，噶尔丹上马控弦，纵横驰骋，更为崇拜英雄的准噶尔人所敬服。